计算蛋白质和磷酸钙之间的MMPBSA，MMPBSA.in和索引组应该怎么设置

模小助

常见MM/PBSA教程基本是蛋白与小分子配体。我想算蛋白和磷酸钙的体系，这类模板可以直接沿用吗，哪些地方需要重新判断？

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先明确钙是游离离子、配位中心还是固体表面。连续介质参数和受体/配体划分必须适用该体系；表面结合或强配位不能直接套普通配体模板解释为可靠结合自由能。