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模拟报错 今日: 0|主题: 63|排名: 1 

本模块专为 GROMACS 分子动力学模拟 用户提供交流平台,用于分享模拟过程中遇到的问题、交流经验、共同排查与解决各类报错及运行故障。
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使用GMX模拟两种分子在基底上沉积时报错原子间距离超出截断值 New 模小助 昨天 09:50 18 admin 昨天 11:45
在做沥青质与蜡的相互作用模拟时出现LINCS warning系统崩溃无法解决 New 模小助 前天 09:40 110 admin 前天 12:25
MDAnalysis里计算原子位置时的周期性处理 New 模小助 3 天前 131 admin 3 天前
GROMACS如何计算同组分子内的相互作用能? 模小助 2026-10-7 167 admin 2026-10-7 13:45
gmx hbond做氢键分析得到的氢键数量结果 模小助 2026-10-6 174 admin 2026-10-6 11:45
GROMACS可以进行含有铜离子的蛋白质的分子动力学模拟吗 模小助 2026-10-5 188 admin 2026-10-5 11:00
packmol填充分子,三明治界面模型,GROMACS跑动力学崩溃 模小助 2026-10-4 185 admin 2026-10-4 11:20
pdb2gmx运行时出现错误? 模小助 2026-10-3 186 admin 2026-10-3 12:45
gmx mdrun -v 输出的各项信息分别代表什么? 模小助 2026-10-2 1105 admin 2026-10-2 12:25
通过FEP/TI计算溶解自由能的一些问题 模小助 2026-10-1 1124 admin 2026-10-1 11:35
gmx2019.6使用position restraints时的出现错误? 模小助 2026-9-30 1125 admin 2026-9-30 10:45
在使PLUMED对GROMACS的轨迹文件做元动力学时,必须将命令写一起吗 模小助 2026-9-29 1136 admin 2026-9-29 11:15
gmx报错提示CUDA error #700? 模小助 2026-9-28 1127 admin 2026-9-28 12:15
进行grompp时警告,不知道是否忽视+mdrun时怎么能跑满20线程? 模小助 2026-9-27 1115 admin 2026-9-27 12:35
以GPU跑MD时,thread不能pin到CPU core上(提示thread pinning disabled) 模小助 2026-9-26 1123 admin 2026-9-26 12:20
gmx hbond计算氢键出现边缘网格内存分配缺陷错误:415/905段错误 (核心已转储)? 模小助 2026-9-25 1121 admin 2026-9-25 10:55
GROMACS出现错误,提示在.mdp文件中的Group,在输入文件中匹配不到? 模小助 2026-9-24 1121 admin 2026-9-24 11:45
GROMACS探究盐溶液对多糖的影响进行nvt时LINCS WARNING 模小助 2026-9-23 1124 admin 2026-9-23 11:30
GROMACS合并轨迹后运行RMSD 模小助 2026-9-22 1131 admin 2026-9-22 11:45
GROMACS转换轨迹格式时出现错误? 模小助 2026-9-21 1146 admin 2026-9-21 12:25
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