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本模块用于 GROMACS 模型构建相关交流，包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。

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想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？	Mirage 2026-3-16	2320	lauthirteen 2026-3-16 18:07
如何根据蛋白的生物特性计算建模需要的参数？	模小助 2026-9-24	158	admin 2026-9-24 16:55
gmx跑蛋白-小分子的md时是否需要将小分子用量化计算后再跑？	模小助 2026-9-25	165	admin 2026-9-25 22:30
油-水-表面活性剂体系如何建模以定量分析表活剂浓度对界面张力的影响？	模小助 2026-9-28	153	admin 2026-9-28 17:10
GROMACS跑蛋白加DNA的体系结构优化之后，DNA在pymol中显示不完整	模小助 2026-9-29	169	admin 2026-9-29 16:20
石墨电极-电解液界面建模的正确流程	模小助 2026-10-3	150	admin 2026-10-3 18:25
怎么用MD模拟聚合物与锂盐溶解过程？	模小助 2026-10-4	143	admin 2026-10-4 16:35
怎么使用Packmol构建两个石墨烯炭层以及炭层间放入一些溶剂溶质分子？	模小助 2026-10-6	151	admin 2026-10-6 23:30
人体皮肤用磷脂双分子层建模合理吗 New	模小助 6 天前	132	admin 6 天前
错误：Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks。请问大家应该如	dongji 2026-3-10	1170	lauthirteen 2026-3-10 14:32
如何计算模拟盒子中的分子个数？ New	模小助 5 天前	129	admin 5 天前
错误：Out of memory	dongji 2026-3-10	1162	lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候gmx genion无法中和体系或找不到溶剂组	dongji 2026-3-10	1176	lauthirteen 2026-3-10 14:33
在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误	18380446913 2026-3-10	1285	lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候出现下面错误：Invalid line in [file.gro] for atom N	18380446913 2026-3-10	1266	lauthirteen 2026-3-10 14:34
错误：Invalid order for directive [xxx]	18380446913 2026-3-10	1192	lauthirteen 2026-3-10 14:35
多温度轨迹能否合并建立马尔科夫模型？ New	模小助前天 20:05	19	admin 前天 22:05
错误：Energy minimization does not converge (Fmax not reached)	18380446913 2026-3-10	1182	lauthirteen 2026-3-10 14:35
运行gromacs时候出现下面错误：OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5..	xiaopacai 2026-3-10	1283	lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type	xiaopacai 2026-3-10	1367	lauthirteen 2026-3-10 14:36

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