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模型构建 今日: 0|主题: 23|排名: 3 

本模块用于 GROMACS 模型构建 相关交流，包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。
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作者 回复/查看 最后发表
想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？ Mirage 2026-3-16 273 lauthirteen 2026-3-16 18:07
错误：Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks。请问大家应该如 dongji 2026-3-10 130 lauthirteen 2026-3-10 14:32
错误：Out of memory dongji 2026-3-10 128 lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候gmx genion无法中和体系或找不到溶剂组 dongji 2026-3-10 142 lauthirteen 2026-3-10 14:33
在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误 18380446913 2026-3-10 155 lauthirteen 2026-3-10 14:33
运行gromacs时候出现下面错误：Invalid line in [file.gro] for atom N 18380446913 2026-3-10 159 lauthirteen 2026-3-10 14:34
错误：Invalid order for directive [xxx] 18380446913 2026-3-10 161 lauthirteen 2026-3-10 14:35
错误：Energy minimization does not converge (Fmax not reached) 18380446913 2026-3-10 146 lauthirteen 2026-3-10 14:35
运行gromacs时候出现下面错误：OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5.. xiaopacai 2026-3-10 159 lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type xiaopacai 2026-3-10 180 lauthirteen 2026-3-10 14:36
运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ... xiaopacai 2026-3-10 1104 lauthirteen 2026-3-10 14:36
磷酸铝的溶剂化模型搭建 新人帖 阿布拉卡 2026-3-14 157 lauthirteen 2026-4-17 10:57
求助：模拟MXene膜海水淡化过程.... 新人帖 ctcs 2026-3-23 160 admin 2026-3-23 14:38
gromacs如何导入交联的分子结构 新人帖 fengqz 2026-3-25 168 lauthirteen 2026-3-25 12:00
小分子复合物建模，合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错 新人帖 xhh 2026-4-7 142 lauthirteen 2026-4-7 16:43
gmx solvate 溶剂化报错，分子超出盒子，无法加水 新人帖 lingc 2026-4-7 143 lauthirteen 2026-4-7 16:42
Gromacs可以模拟双配体的动力学模拟吗，有操作教程吗 新人帖 xuanwu2 2026-4-21 132 lauthirteen 2026-4-23 10:41
我用 Packmol 构建了一个模拟盒：盒子中心是硫酸铵团簇，水分子分...... xuanwu2 2026-4-21 133 lauthirteen 2026-4-23 10:42
目前我使用的是 RTX 3080 Ti 显卡，主要用于运行 GROMACS 进行蛋白质对接计算........ lilis 2026-4-27 124 lauthirteen 2026-4-29 08:43
各位老师好，我目前想做二氧化硅相关模拟,请问有没有相关资料？谢谢 zhidun3 2026-5-11 116 lauthirteen 2026-5-12 10:02
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