我用 gmx hbond 分析氢键数量时，得到的平均氢键数异常，求助？

moou

我用 gmx hbond 分析氢键数量时，得到的平均氢键数为负值且数值异常巨大，明显不符合实际情况。请问可能是什么原因导致的？具体如下：

gmx hbond -s md.tpr -f md.xtc -num pcd.xvg -tu ns -n index.ndx


出现如下情况：
Checking for overlap in atoms between Protein and MOL
Calculating hydrogen bonds between Protein (4046 atoms) and MOL (137 atoms)
Found 391 donors and 750 acceptors
Reading frame       0 time    0.000
Will do grid-search on 18x18x18 grid, rcut=0.34999999
Frame loop parallelized with OpenMP using 32 threads.
Last frame      10000 time  100.000
Average number of hbonds per timeframe -484186.132 out of 146625 pos

lauthirteen

估计是你的体系分子的itp文件有问题，极其不合理。或者模拟体系搭建不合理。