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Gromacs 蛋白 - 锌离子 - 配体水体系能量最小化仅 107 步未收敛,配位水分子重叠(已

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位 Gromacs 大佬好!
我在处理含锌离子 + 配位水分子的蛋白 - 小分子体系的能量最小化时遇到顽固问题,尝试修改后仍未解决,特此求助:


一、核心问题
  • 能量最小化仅运行107 步就提前停止,未达到 Fmax < 100 的收敛标准
  • 能量最小化输出的 gro 构象中,配位水分子出现明显原子重叠(图 1);
  • 中和体系电荷后的 gro 构象完全正常(图 2),构象异常仅出现在能量最小化后。
    1.png
  • 222.png 图1
  • 33.png 图2

三、我已尝试的解决方法
  • 定位到重叠原子为锌离子的配位水分子
  • 重新修改了配位水分子的拓扑文件;
  • 参照体系中溶剂水分子的拓扑参数,对配位水添加了限制条件;
  • 重复计算后,提前终止、水配体重叠的问题依旧存在

四、求助问题
  • 含锌离子的配位水出现原子重叠、能量最小化不收敛的核心原因是什么?
  • 金属配位水分子的拓扑、限制条件该如何正确设置?
  • 如何调整能量最小化参数,解决最陡下降法提前终止的问题?


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