【请教】GROMACS中利用deform进行单轴压缩/拉伸模拟的参数设置与机制疑问

dayu8278

各位老师、同学好：

最近我正在开展两个蛋白质在水溶液中的非平衡态自组装模拟。为了探究非平衡态下蛋白分子间及分子内相互作用力的动态演变，我需要对整个体系或特定蛋白进行拉伸/压缩操作。蛋白形貌如下图所示：

在查阅相关资料时，我看到关于“GROMACS拉伸、剪切、压缩模拟”的讨论。文中指出可通过修改 .mdp 文件中的各向异性控压及 deform 关键字来实现，配置如下：

pcoupl          = Parrinello-Rahman
pcoupltype      = anisotropic  
tau_p           = 1.0   
ref_p           = 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0   
compressibility = 4.5e-5 4.5e-5 0.0  4.5e-5   4.5e-5  4.5e-5  
deform          = 0.0 0.0 0.001 0.0 0.0 0.0

在具体实施时，我产生了以下几点困惑，想向大家请教：

• 关于参数完整性： 若要实现稳定的单轴拉伸或压缩，除了上述控压与 deform 关键字外，是否还需要配合设置其他参数（例如 freezegrps、tc-grps 的调整等）？
• deform 与 pull code（伞样采样）的物理机制区别： >    GMX官方的伞样采样（Umbrella Sampling）通常使用 pull code 对单个多肽链施加简谐拉力，这需要构建极长的盒子以防止周期性边界（PBC）带来的伪影。而上述 deform 方法似乎是通过改变模拟盒子本身（Box vectors）来隐式对整个体系施加应变。如果我的核心目的是“只对其中一个蛋白施加拉伸/压缩，观察其与另一个蛋白的响应”，使用 deform 能否实现针对特定分子的力学加载？它是否也会受到盒子尺寸和PBC的严重限制？
• 对于这种双蛋白组装体的非平衡态动力学模拟，大家更推荐使用 deform 还是传统的 pull code？
  
  

期待各位老师同学的解答与指点，非常感谢！