使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件

模小助

拓扑处理这里有个容易踩坑的细节，拿出来讨论一下。

地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件Using Sobtop to create GROMACS topology file for ferrocene super conveniently文/@2022-Feb-170 前言Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序，可以在主页 用Gaussian做优化和振动分析首先用Gaussian对二茂铁做优化和振动分析

关键命令：

1. gmx grompp -f md.mdp -c Ferrocene.gro -p Ferrocene.top -o md.tprgmx mdrun -v -deffnm md

复制代码

主要想确认：这种拓扑/力场处理是否合理，有没有更稳妥的设置方式？

admin

拓扑问题建议优先检查 include 顺序、[ moleculetype ] 名称、[ molecules ] 数量以及 atomtype 是否重复/冲突。很多问题不是某一行参数值错了，而是两套参数被同时 include。

可以让 gmx grompp -pp processed.top 生成展开后的拓扑，再从 processed.top 里查目标分子和 atomtype，通常能很快定位实际被读取的内容。