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石墨烯md模拟力场建立过程中出了问题

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超级版主

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发表于 2 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
整理一个实际报错场景,看看大家一般会怎么排查。

我用top生成了一个石墨烯(中间部分挖去,有6个羧基)的力场文件g6.itp和g6.top①是不是没有直接将g6.top文件看成是topol.top进行模拟?②我是将g6.itp文件中的力场转换形式后放到ambersb-ildn文件夹中,我已经事先用excel将其中重复的键,角,二面角项删掉

关键命令:
  1. gmx pdb2gmx
  2. gmx editconf
复制代码

主要想确认:这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数,怎样定位根因?
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