模拟了蒙脱石和水/甲烷体系，但trjconv输出轨迹时无法将蒙脱石放在盒子内部

模小助

这是一个比较典型的计算异常，把关键信息整理出来讨论一下。

用了一个可无限延展的蒙脱石板（用interface力场），放在盒子中间，蒙脱石上下方均放了甲烷+水。跑完了NPT以后，使用命令 ，得到的轨迹的图，蒙脱石不在中间

关键命令：

1. gmx trjconv -f npt.xtc -o traj.gro -s npt.tpr -pbc mol
2. gmx make_ndx -f npt.gro

复制代码

主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？