GROMACS中RMSD怎么排查和意义的个人理解，若有不对请批评指正？

模小助

这个话题在实际模拟里经常会碰到，简单整理几个关键点。

我最近常跑复合物的GROMACS，结合们的帖子和看的文献，对RMSD有一些自己个人不成熟的理解，不知道对不对，希望可以批评指教！1、复合物中RMSD的运算：可对复合物整体、蛋白质、配体计算RMSD波动，复合物整体叠合和计算RMSD的对象都是：复合物索引组，蛋白质叠合和计算的对象则都是骨架，配体则都是对配体，如此计算的RMSD可以代表它们在模拟过程中的自身构象变化情况，当然社长大人也提到过了可以对蛋白的骨架叠合之后求取配体的RMSD，此时RMSD则代表配体相对活性口袋的构象变化

大家如果做过类似体系，也可以补充自己的处理方式或注意事项。

admin

RMSD/RMSF 最关键的是“选了什么组、对什么组做拟合”。同一条轨迹，用 backbone、Cα、整个 protein 得到的数值本来就会不同，因此比较时必须保持 selection 一致。

建议先做好 PBC 处理，再用 backbone/Cα 拟合；RMSF 通常按残基看局部柔性。若是多聚体，还要明确是整体拟合后分析各链，还是每条链分别拟合，否则链间刚体运动会把结果放大。