结合自由能计算-蛋白蛋白结合自由能计算方法

模小助

整理一个课题设计层面的思路问题，看看哪种方案更合适。

分享一下基于几何路径的蛋白蛋白结合自由能的运算方法：那么实现这样的一个目标主要需要以下几个软件（网站）：1. CHARMM-GUI：获得输入文件（pdb、psf等）2. BFEE2：获得模拟的输入文件、结果处理等3. NAMD：模拟软件本教程所使用的示例PDBID：4INS

主要想确认：如果要把这个思路落到 GROMACS 模拟里，建议优先验证哪些环节？

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这里建议先把“自由能”和普通相互作用能区分开。gmx energy 读出的 Coul-SR/LJ-SR 等是给定轨迹/能量组上的势能项，并不等价于结合自由能或 PMF；自由能方法还包含采样和熵等贡献。

如果是伞形采样/MetaD/FEP，首先看 CV/λ 路径覆盖是否充分、相邻窗口是否有重叠以及误差是否收敛。最后再讨论曲线物理意义，会比直接拿一个最低点和 gmx energy 数值对比更可靠。