计算蛋白配体分子间相互作用能的操作是否合理？

模小助

这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

我目前已经完成蛋白配体的分子动力学模拟，现在计算蛋白配体分子见的相互作用能，不知道我的操作是否合理，请给出意见 ；提取建立新组的轨迹随后进行 请问这样操作是否正确，如有问题烦请告知正确的操作

关键命令：

1. gmx make_ndx -f npt.gro -o prolig.ndx
2. gmx trjconv -f md_results_1.xtc -s md_results_1.tpr -n prolig.ndx -o prolig.xtc

复制代码

主要想确认：计算蛋白配体分子间相互作用能的操作是否合理？

admin

mdp 参数最好按“力场推荐 + 体系物理特征 + 模拟阶段”一起判断，不能只看某个参数是否等于默认值。建议把邻居表/非键、温压耦合、约束与时间步长作为一组核对。

如果是从现有文献复制的 mdp，也要注意 GROMACS 版本差异和已废弃选项。先做短时间测试并检查 log 中实际采用的参数，比只看 mdp 文件更可靠。