通过FEP/TI计算溶解自由能的一些问题

模小助

这个案例在运行过程中卡住了，核心现象如下。

我想计算一个大分子在一种有机溶剂中的溶解自由能，但在第一步能量极小化时出现了如下的报错Fatal error:There are perturbed non-bonded pair interactions beyond the pair-list cutoffof 1.05 nm……

核心报错/现象：

1. 报错Fatal error:There are perturbed non-bonded pair interactions beyond the pair-list cutoffof 1.05 nm, which is not supported. This can happen because the system isunstable or because

复制代码

主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？

admin

这里建议先把“自由能”和普通相互作用能区分开。gmx energy 读出的 Coul-SR/LJ-SR 等是给定轨迹/能量组上的势能项，并不等价于结合自由能或 PMF；自由能方法还包含采样和熵等贡献。

如果是伞形采样/MetaD/FEP，首先看 CV/λ 路径覆盖是否充分、相邻窗口是否有重叠以及误差是否收敛。最后再讨论曲线物理意义，会比直接拿一个最低点和 gmx energy 数值对比更可靠。