蛋白-小分子动力学模拟的tc-grps的设置问题

模小助

这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

用GROMACS做蛋白-小分子动力学模拟的时候，在热浴NVT之前，需要把蛋白和小分子绑定在一起，mdp文件也要把tc-grps做相应修改，例如改成Protein_lig Water_and_ions

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项最值得优先调整？

admin

tc-grps 不建议为了“更精细”而拆得过多。温度耦合组应该是物理上有意义、且各自具有足够自由度的组；蛋白+配体常见做法是把溶质作为一个组，水+离子作为另一个组，具体仍要看所用流程/力场推荐。

尤其不要把很小的配体单独作为一个温控浴，否则温度波动会很大，也可能产生不自然的热流。若贴出当前 tc-grps、tau_t 和体系组成，可以更具体判断。