使用GROMACS生成RMSD时tpr输入文件如何选择？

模小助

整理一个轨迹分析/作图问题，重点是结果该怎么判断。

我发现在GROMACS 官方的教程中计算RMSD时有时采用运行MD后得到的md.tpr文件，如”水中溶菌酶”教程中查看蛋白质的RMSDgmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns有时又采用执行能量最小化后得到的em.tpr文件……

关键命令：

1. gmx rms -s em.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -o rmsd_complex.xvg -tu nsgmx rms -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -o

复制代码

主要想确认：使用GROMACS生成RMSD时tpr输入文件如何选择？

admin

RMSD/RMSF 最关键的是“选了什么组、对什么组做拟合”。同一条轨迹，用 backbone、Cα、整个 protein 得到的数值本来就会不同，因此比较时必须保持 selection 一致。

建议先做好 PBC 处理，再用 backbone/Cα 拟合；RMSF 通常按残基看局部柔性。若是多聚体，还要明确是整体拟合后分析各链，还是每条链分别拟合，否则链间刚体运动会把结果放大。