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用GROMACS模拟表面活性剂在油/水界面的体系,模拟完表活都跑在一边,没有均匀分配

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发表于 2 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
整理一个平衡/生产阶段的参数问题,结果对设置比较敏感。

我模拟的是表面活性剂在油/水界面的体系,表活和油用的GAFF力场,水用的SPC/E模型。用Multiwfn调取Gaussian 09对表活和油(癸烷)进行分子优化并计算RESP电荷,后通过acpype转化为GROMACS可用的文件

主要想确认:这种参数设置是否合理,哪些选项最值得优先调整?

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管理员

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层
mdp 参数最好按“力场推荐 + 体系物理特征 + 模拟阶段”一起判断,不能只看某个参数是否等于默认值。建议把邻居表/非键、温压耦合、约束与时间步长作为一组核对。

如果是从现有文献复制的 mdp,也要注意 GROMACS 版本差异和已废弃选项。先做短时间测试并检查 log 中实际采用的参数,比只看 mdp 文件更可靠。
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