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如何计算模拟盒子中的分子个数?

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
这个案例还在前处理/建模阶段,想先把构建思路确认清楚。

初学GROMACS,我在按照文献给出的盒子大小进行建模时,发现自己用N=c×V×NA和N=ρ×V÷M×NA计算得到的分子数和文献给出的数字对不上。尝试算了两篇文献,第一篇文献中盒子大小为10 Å × 10 Å × 10 Å,锂离子浓度为1 mol/L,溶剂为ECMC:EMC (1:1:1 vol%),文献中给出的锂离子个数是60,EC、DMC、EMC分别是300、237、195,我自己算的只有0.6、3、2.38和1.94个

主要想确认:如何计算模拟盒子中的分子个数?
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