使用GMX模拟两种分子在基底上沉积时报错原子间距离超出截断值

模小助

有机分子在基底上沉积，grompp提示excluded atoms之间的距离异常大。

直觉上想增大截断值，但不确定这样是否只是绕过问题，应该先核对哪里？

admin

先排查跨周期分子、坐标与拓扑原子顺序以及错误键连。异常长的排除距离常是输入问题；修复前不要靠放大截断或忽略警告启动沉积模拟。