用Amber软件出现报错： [AMBER] PrmtopError:Complex natom != receptor natom

模小助

MM/PBSA报“Complex natom != receptor natom + ligand natom”。

复合物、受体和配体的划分应该怎样核对，找到原子数不一致的原因？

admin

从同一套复合物拓扑和原子顺序生成受体与配体，确认二者互斥且并集等于复合物。同步处理水和保留离子，避免不同结构来源或不同strip规则造成原子数冲突。