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网上学过不少 GROMACS 分子动力学课程，却只会照做不懂原理，换自身课题便无从下手，零基础怕学不会、有基础难挖 SCI 核心数据、模拟频繁报错无精准解法，这些科研痛点，我 14 年 GROMACS 教研生涯中见过太多科研人踩过。
讲师介绍刘建川（刘十三），北京大学博士后，在Advanced Functional Materials、JACS、Langmuir、Solar RRL、JPCC等国际权威 SCI 期刊累计发表学术论文10 余篇，14 年深耕 GROMACS 分子动力学模拟科研与教学。4 月 10 日 - 12 日，我将在成都开启 3 天线下沉浸式小班集训，我全程亲授带练 + 助教同步答疑，手把手带你打通 GROMACS 全流程，从零基础入门到科研成果落地，让模拟真正成为你的科研核心利器。
四大核心优势，聚焦每一个人的学习与成长实战落地导向，拒绝空泛理论全程以科研课题与 SCI 论文产出为核心，不堆砌脱离实操的冗余理论，所有内容均来自一线科研实战，覆盖材料、化学、物理等多领域高频研究场景，教你不仅会操作软件，更会解报错、做分析、释机制，学完就能直接用在自己的研究中。 专属小班带教，精准覆盖每一个人本次课程严格限额小班招生，彻底告别大班课流水化授课、泛化答疑的痛点，把注意力放在每一位学员身上，兼顾学习进度与个人研究需求： ✅ 本人全程在场带教，课间、午休可一对一深度交流，你的研究遇到的体系搭建、模拟报错、分析卡点等问题，当场拆解、共同讨论解决； ✅ 预留定制化课题讨论时间，针对每个人的研究方向，一对一梳理模拟方案，精准突破个人科研瓶颈； ✅ 实操环节逐人跟进，确保每一位学员吃透操作要点，不落下任何知识点，不让任何人在实操中卡壳掉队； ✅ 小班同频交流氛围，与同领域同学切磋课题经验，我全程参与引导，把 14 年实战经验直接赋能到你的研究中。 ✅ 配备专属助教老师，全程协同答疑，及时解决学习与实操中的各类问题，双重指导保障学习效果； 全技术栈闭环，拒绝碎片化学习不止教 GROMACS 单一软件操作，更打通 Linux 环境适配、多建模工具联动、自定义力场构建、Python/Shell 分析脚本编写全流程，打造从建模、计算到分析、作图的完整能力闭环，适配多尺度模拟科研刚需，彻底解决 “单点技能会了，全流程模拟就卡壳” 的问题。 分层精准教学，拒绝知识断层课程体系从零基础入门到高级进阶全覆盖，兼顾不同基础学员需求： ✅ 零基础学员：系统搭建实操框架，稳步上手不走弯路； ✅ 有基础学员：针对性攻克高级技能难点，突破科研瓶颈；彻底解决 “学了建模不会分析，会了分析不会对接课题” 的知识断层问题。
| | | | 分子模拟入门理论 1. 基本假设 2. 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法 3. 积分步长的选取 4. 温度和压力控制 5. 周期性边界条件 6. 分子动力学模拟流程 | | GROMACS 入门操作基础 1. Linux 命令入门基础 2. GROMACS 的 win 版 linux 版编译安装 3. GROMACS 涉及的各种输入输出文件参数介绍 4. GROMACS 力场介绍 GROMACS建模 1. Packmol，GaussView，VMD 等建模软件使用 2. 建立各种体系模型混合模型、界面模型、球体模型等 3. 小分子各种力场 TOP 文件的建立 4. 建立均相、多相体系 5. 如何修改力场参数 | | 全程本人 + 助教现场一对一指导，针对当日课程内容开展实操练习，即时解答学习疑问，同步交流课题相关问题，当场解决实操卡点 | | | GROMACS计算实例 1. 纯相、多相混合体系模拟计算 - 冰、水、甲烷等、超临界二氧化碳等 - 乙醇等极性溶剂 - 石油化工领域等、聚合物分子等 2. 界面模拟 - 计算气液界面、固液界面、油水界面、表面活性剂的界面模拟、添加虚拟墙等 3. 物理场下的模拟计算 - 静电场、微波场、高斯脉冲场 4. 石墨烯、纳米管、二氧化硅建模模拟 - 周期性体系建模方法 | | GROMACS数据分析 1. 初级分析工具运用 - 径向分布函数（RDF）、离子配位数、扩散系数、介电常数 2. 能量与物理性质计算 - 各方向密度、压力、表面张力、势能 3. 氢键相关性质计算 - 平均氢键个数、平均氢键寿命、氢键自相关函数 4. 结构分布、四面体参数 5. 计算键角和二面角的分布 - 用make_ndx 建立索引 6. 计算二维的平面或轴径向密度 7. 空间分布函数的绘制 8. 构建各种力场参数、提取各种数据、分析 | | 全程本人 + 助教现场一对一指导，针对当日建模计算、数据分析内容开展实操练习，即时解答模拟操作、数据提取与分析中的疑问，同步交流课题相关模拟问题，当场解决实操卡点 | | | 1. 使用 AmberTools 建立分子 GAFF 力场 - AmberTools 工具使用方法 - 力场自定义构建核心流程 2. 用量子化学方法拟合力场参数，构建属于自己体系的力场 - 对二面角这种重要的参数进行拟合 3. 粗粒化力场的建立，可使用更大体系模拟更长的时间长度。 - 高分子粗粒化、蛋白膜粗粒化 - 可使体系达到介观尺度 - 模拟时间达到微秒级 - 更准确预测蛋白、高分子等体系的性质 4. 非标准残基力场构建 - 解决实际模拟中非标准残基氨基酸处理难题 | | 1. 蛋白体系、生物大分子建模仿真 - 生物大分子建模方法 2. 蛋白配体复合物建模仿真 - 处理蛋白配体itp以及合并复合物 3.表面活性剂构建和模拟 - 构建界面体系模拟 4. 生物膜构建与模拟 - 构建膜蛋白、细胞膜吞噬纳米颗粒建模模拟 5. 拉伸模拟（应力应变） - 计算材料形变的相关性质 6. 不同 PH 下蛋白体系建模仿真 - 特定PH下体系建模和模拟 7. 高分子体系建模与模拟 - 构建线性聚合物、无规共聚物、交联聚合物的建模和模拟方法 8. DNA/RNA 体系建模仿真 - 构建DNA/RNA结构，以及建模模拟 GROMACS高级分析工具运用 1. RMSD 分析 2. 性质数据抽取 3.计算回转半径 4. 计算平均结构 5. 计算结合自由能 6. 轨迹的处理 7. VMD使用：查看模拟轨迹, 结果分析，生成高质量发表的图片 8. 分析轨迹代码编写（bash脚本、python脚本） | | 全程本人 + 助教现场一对一指导，针对当日建模计算、数据分析内容开展实操练习，即时解答模拟操作、数据提取与分析中的疑问，同步交流课题相关模拟问题，当场解决实操卡点 |
报名费用原价：3000元/人 早鸟价：2800元/人 三人成团，立享团购优惠 课后建专属学员微信群，全程陪伴答疑，学习问题随时沟通解决
培训信息📅 培训时间：2026 年 4 月 10 日 - 12 日（3 天全天沉浸式教学） 📍 培训地点：四川・成都 🎯 适合人群：材料、化学、物理、化工、生物工程、高分子、药学、纳米材料等相关领域✅ 高校研究生、博士生、青年科研人员✅ 企业研发人员✅ 零基础想系统入门 GROMACS 的科研人✅ 有基础但想进阶、解决课题卡点的从业者 📌 招生规则：小班限额招生，满员即止，以报名缴费为准锁定席位（早鸟价格：3月31日前报名学员可享受早鸟价。）
报名咨询📩 QQ 号：2075942676
📱 二维码：
✅ 备注【 GROMACS咨询 】，快速锁定咨询名额，获取培训完整详情 3 天时间，我会把14 年的 GROMACS 实战经验毫无保留教给你，搭配助教全程协同答疑，双重指导解决你的所有模拟痛点，让分子动力学模拟真正为你的科研提速，助力课题推进与论文产出！ 4 月 10 - 12 日，成都，期待与你一起，玩转 GROMACS，落地科研成果！
如有学习疑问或交流需求，欢迎加入「模拟之家」官方 QQ 群:709020941，群内会定期分享 GROMACS 实战教程、计算模拟前沿方法、入门进阶干货，与我及一众科研伙伴共同探讨学术问题、破解学习难题。
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发表于 2026-3-9 17:59:56