生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物TOP文件

lauthirteen

在我们模拟之家公众号前期的内容讲了如何安装AmberTools以及其结合acpype生成分子TOP的教程《https://mp.weixin.qq.com/s/BPg2i2CYkMh3rWipWgCCgw》。但是该教程基于acpype软件，其通过-a选项可以指定的力场仅有：gaff,amber,gaff2,amber2这四种。如果模拟过程中，我们体系有纤维素(多糖)及其衍生物结构，也可以使用gaff2,amber2力场来生成TOP文件。但是，目前,使用比较广泛的纤维素(多糖)及其衍生物力场是GLYCAM力场。本教程即为大家讲解如何通过AmberTools和acpype结合，生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物结构的TOP文件。

1、 构建多糖的pdb文件（略）

2、 生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物TOP文件

激活AmberTools环境之后，使用下面的shell脚本自动生成：

mol=glycan       #pdb文件名称

antechamber -i $mol.pdb -fi pdb -o $mol.mol2 -fo mol2 -cbcc -at amber -pf y

# 2. 检查补充缺失参数

parmchk2 -i $mol.mol2 -f mol2 -o $mol.mod

# 3. 生成AMBER参数文件和坐标文件

echo "source ./leaprc.glycam_06j-1" >tleap.in

echo "loadamberparams $mol.mod" >>tleap.in

echo "mol=loadmol2 $mol.mol2" >> tleap.in

echo "check mol" >> tleap.in

echo "saveamberparm mol $mol.prm $mol.crd">> tleap.in

echo "quit" >> tleap.in

tleap -f tleap.in

# 4. 生成GROMACS拓扑文件和坐标文件

acpype -p $mol.prm -x $mol.crd -d

把上述代码，保存为amb2gmx.sh文件，然后执行：bash amb2gmx.sh 即可。上述代码会调用当前目录下的“leaprc.glycam_06j-1”文件，这个即为GLYCAM力场文件。“leaprc.glycam_06j-1”文件可到模拟之家QQ群下载（709020941）。