求助！GROMACS2024.1 做蛋白 - 小分子模拟，top 文件错误导致能量最小化失败，该怎么

pcc

我最近用GROMACS2024.1做蛋白和小分子的分子动力学模拟，卡在能量最小化步骤了，特来求助！

模拟流程与前期准备

• 小分子预处理：用acpype工具处理含苯环的小分子，命令为acpype -i your_ligand.mol2 -a gaff -c bcc，生成相关拓扑文件。
• 蛋白预处理：执行gmx_mpi pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh，力场选择19sb+tip4p-d（19sb 力场和 TIP4P-D 水模型为单独下载，在引入配体拓扑前，已将 TIP4P-D 整合到主拓扑文件中）。
  

报错问题
当运行能量最小化命令gmx_mpi grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 2时，程序报错，提示top 文件存在问题，无法正常生成 tpr 文件。

已尝试的解决措施

• 下载并安装与 19sb 力场兼容的力场文件，替换后问题依旧。
• 调整 acpype 参数，将-a gaff改为-a amber3，未解决报错。
• 在前述基础上，删除主 top 文件中的 **[cmap]** 字段，仍报相同错误。
• 对比过往模拟，使用amber99sb-ildn力场时无报错，但此次更换力场后出现问题。
  

核心疑问

• 报错根源是否为19sb 力场与 GROMACS2024.1 版本不兼容？
• 若更换力场，Amber14sb能否提升模拟精度，是否有更换必要？
• 继续使用amber99sb-ildn力场是否可行，其模拟精度能否满足需求？
  

额外求助
此外，我已按建议更换了 2024 版本兼容力场并完成模拟，现想用gmx_MMPBSA进行能量计算，配置的mmpbsa.in文件出现报错，想请教各位老师报错原因及解决方法！

lauthirteen

这个是由于你的top文件里面，没有 包含这个C-* type的信息，你需要再atomtypes字段后面添加，类似：
[ atomtypes ]
;name   bond_type     mass     charge   ptype   sigma         epsilon       Amb
SO       SO          0.00000  0.00000   A     3.56359e-01   1.04600e+00 ; 2.00  0.2500
O        O           0.00000  0.00000   A     2.95992e-01   8.78640e-01 ; 1.66  0.2100