三点水模型转换为四点水模型后gro文件原子丢失的问题排查

BlueNova

我在模拟过程中遇到了一个问题：使用Amber力场，甲烷分子的itp文件是通过http://bio2byte.be/acpype/这个在线服务器生成的。我先将培训班教程里的2304.gro文件转换为2304.pdb格式，然后用packmol工具构建了冰+水+甲烷的混合体系，设置了tolerance为2.0，add_box_sides为1.2，输出了mix.pdb文件。但在将体系中的三点水模型转换为四点水模型后，我发现生成的gro文件里有大量的原子信息丢失了，想请问这个问题应该怎么排查和解决？