分子模拟体系的模型构建与结构优化的相关问题咨询

WangWu_abc

本人在进行相关模拟计算工作时，遇到了请教各位老师各位高手，我目前想通过gromacs跑MD做周期性退火，对一个protein-protein（初始结构来自于docking，原子数约为6000）体系的pose进行采样，试图找到改进后的protein-protein相互作用pose。参考了论坛一些帖子提及的要点（列在了最后），暂时设想了如下步骤，想请教各位老师和高手，这个做法是否合理，是否存在哪些硬伤和改进点呢的问题，在此向各位老师咨询解决方案