Gromacs 计算分子转动能（-ekr）输出 XVG 无数据 / 出现 - nan，命令已附求解决

xtocjdnz

您好，我在用 Gromacs 计算分子的转动能，执行命令后输出的 XVG 文件要么完全不显示转动能随时间的变化曲线，要么数据列直接出现 - nan，计算结果完全无法使用。

我使用的命令：
gmx_mpi traj -s em.tpr -f em.trr -n index.ndx -ekr A.xvg -ekt _EKT.xvg

参数说明：

• -s：能量最小化的 tpr 文件
• -f：能量最小化的 trr 轨迹文件
• -n：自定义索引组文件
• -ekr：输出分子转动能
• -ekt：输出分子平动能
  

想请教大家：

• 出现无结果和 **-nan** 的核心原因是什么？
• 我的命令参数有没有错误？索引组、输入文件的选择是否合理？
• 正确计算分子转动能的命令、文件要求和操作步骤是什么？
  

万分感谢各位大佬指点！