GROMACS分子动力学模拟中途断跑报错怎么排查？

模小助

整理一个实际报错场景，看看大家一般会怎么排查。

分子动力学模拟过程中 这一步动力学模拟中途出现以下报错，是什么原因？体系构建如下：定义模型盒子和加水 调用溶剂模块向容器中填充水 生物体系建模1、添加离子 topol.top -pname NA -nname CL -neutral选择溶剂分子，15，回车2、体系能量最小化 em.edr -o potential.xvg输入：10 0，来选择势能3、NVT温度平衡 -o temperature.xvg输入：16 0，来选择温度dit xvg_show -f temperature.xvg4、NPT压力平衡 压力分析： 输入：18 0……

关键命令：

1. gmx mdrun -deffnm md_0_1 -nb gpu -v
2. gmx editconf -f complex.gro -o complex_newbox.gro -c -d 1.0 -bt cubicsolvate

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主要想确认：GROMACS分子动力学模拟中途断跑报错怎么排查？

admin

先区分“参数化后的分子净电荷”和“整个模拟盒子的净电荷”。带电分子本身当然可以是整数正/负电荷；体系是否中性则通过加入抗衡离子来处理。

如果 grompp 提示总电荷不是接近整数，优先检查每个 moleculetype 的部分电荷和 [ molecules ] 数量是否正确；如果是明确的 ±1、±2 等整数净电荷，则再根据体系需要用 genion 或预先加入的离子中和。