AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件怎么写？

模小助

这个案例主要卡在拓扑和力场设置，关键信息如下。

想将设计的蛋白质疫苗序列与TLR受体做分子动力学模拟，由于都是蛋白质，就都放到一个PDB文件里做的，采用的AMBER99SB-ILDN 力场，TIP3P水模型，没有找到这个力场的ions.mdp文件，现在用的这个输入后不能用。下有没有AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件;

主要想确认：AMBER99SB-ILDN 力场的ions.mdp文件怎么写？

admin

这里建议先把“参数来源”和“拓扑能不能被 grompp 读过”分开验证。不同力场之间最怕混用 atomtypes、1-4 scaling、组合规则和水/离子参数，表面上能生成 tpr 也不代表物理上兼容。

如果是原子名称不匹配，优先按力场 residue template 的命名规范统一 PDB/GRO，而不是直接改 atomtype 去迎合坐标文件。最好贴出所用力场、对应 itp 的 [ atomtypes ]/[ atoms ] 以及具体 warning。