GPU加速出错问题

模小助

这是一个比较典型的计算异常，把关键信息整理出来讨论一下。

我之前在做蛋白的仿真的时候，正式MD过程使用了GPU加速，但是现在做蛋白-配体的仿真，发现使用GPU会错误提示，不使用GPU则没有问题Command line: , VERSION 2016.4 (single precision)Note: file tpx version 110, software tpx version 112Multiple energy groups is not implemented for GPUs……

关键命令：

1. gmx_mpi mdrun -deffnm md01 -nb gpuReading file md01.tpr
2. gmx mdrun -rerun option on the trajectory with an energy group .tpr file.-------------------------------------------------------Program: gmx mdrun

复制代码

核心报错/现象：

1. 错误提示，不使用GPU则没有疑问Command line:gmx_mpi mdrun -deffnm md01 -nb gpuReading file md01.tpr, VERSION 2016.4 (single precision)Note: file tpx version 110, software tpx version 112Multiple ener

复制代码

主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？

admin

这种问题建议先把“体系是否能跑”和“性能是否最优”分开。第一步用纯 CPU 跑一个很短的测试，如果正常，再逐项启用 GPU offload；这样能判断是体系问题还是 CUDA/驱动/编译环境问题。

如果是 CUDA #700 或 GPU 调用失败，还应核对显卡驱动、GROMACS 编译时 CUDA 版本以及实际运行节点上的库。若只是 thread pinning disabled，不一定是致命错误，常见于外部任务调度、超线程/大小核或手工绑定冲突；性能优化最好以 ns/day 实测，不要只看 CPU 利用率。