蛋白核酸配体体系建模加完水以后出现了问题

模小助

这个案例在运行过程中卡住了，核心现象如下。

我在进行蛋白-DNA-配体体系GROMACS分子动力学模拟时，参考蛋白配体的建模，将蛋白和DNA使用gmx建模，力场和水分别为charmm36和tip3p，配体单独使用top建模，使用gaff力场。第一步命令为 ，其中蛋白两端分别为NH3+和COO-，核酸两端分别为5PHO和3TER，这一步成功输出

关键命令：

1. gmx pdb2gmx -f input.pdb -o output .gro -p topol.top -ter
2. gmx grompp

复制代码

主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？