GROMACS转换轨迹格式时出现错误？

模小助

整理一个实际报错场景，看看大家一般会怎么排查。

:-) GROMACS - , 2022.2 (-:Executable: /public1/soft/GROMACS/2022.2-oneAPI.2022.1/bin/gmx_mpiData prefix: /public1/soft/GROMACS/2022.2-oneAPI.2022.1Working dir: /public1/home/sch0015/software-sch0015/MD/Convert2Command line: ……

关键命令：

1. gmx trjconv
2. gmx_mpi trjconv -f out.xtc -s run.tpr -o pbc.xtc -pbc molNote that major changes are planned in future for trjconv

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核心报错/现象：

1. 错误提示信息，肯定懂行的大神指点一二，感激不尽

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主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？

admin

这个现象大概率要从 PBC 处理顺序入手。常用做法是先保证分子完整，再居中，必要时最后做 compact；不同体系（蛋白、层状材料、膜）中心组的选择也会影响结果。

例如可以分两步做：

1. gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o mol.xtc -pbc mol
2. gmx trjconv -s md.tpr -f mol.xtc -o center.xtc -center -ur compact

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如果是无限延展的蒙脱石/石墨烯，-pbc mol 不一定符合你想要的视觉效果，需要根据它在拓扑里是否被定义为一个连续分子来调整。