GROMACS合并轨迹后运行RMSD

模小助

这个案例在运行过程中卡住了，核心现象如下。

我的结构是蛋白-蛋白复合物，在charmm-gui制作溶液后转到GROMACS进行10步1ns的成品模拟，该过程无错误提示 已经顺利结束。现在分析结果时，需要把1-10ns的轨迹文件合并，分析RMSD和△G……

关键命令：

1. gmx convert-tpr
2. gmx trjconv -s step5_10.tpr -f combined_traj.xtc -o combined_noPBC.xtc -pbc mol -ur compact

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主要想确认：这个现象通常应该优先检查哪些文件或参数，怎样定位根因？