GROMACS如何计算同组分子内的相互作用能？

模小助

这是一个比较典型的计算异常，把关键信息整理出来讨论一下。

作为一名初学者，目前刚学会了 方法计算两个不同能量组之间的相互作用能，即如图所示*ndx中a与b之间的。命令后选取：21 Coul-SR:a-b、22 LJ-SR:a-b 两相数据作为短程库伦相互作用和短程范德华相互作用进行分析

关键命令：

1. gmx mdrun
2. gmx energy

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