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非平衡MD的mdp设置求助

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发表于 2 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
想给两个石墨烯组施加方向相反的加速度来产生剪切流。GROMACS的MDP里,除了加速度本身,还有哪些设置需要一起核对?

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管理员

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层
acc-grps必须与索引名称对应,每组accel需要三个分量。还要检查温控是否移除了流动贡献、边界是否真正维持剪切;在完整报错前不能判断为单一参数错误。
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