残基在残基拓扑库中找不到的问题

模小助

自定义表面活性剂经pdb2gmx处理时，提示残基不在数据库。这样的分子通常该走哪条参数准备路线？

admin

pdb2gmx依赖已定义残基，不能自动为任意小分子参数化。独立小分子可生成兼容的ITP；若接入链结构，则需补全残基模板、氢规则和连接参数。