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ITP/TOP拓扑文件 今日: 0|主题: 32|排名: 2 

本模块 GROMACS 拓扑文件（ITP/TOP） 相关交流，用于讨论拓扑生成、参数修改、力场配置、报错排查等问题，帮助大家正确构建与调试模拟体系。
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执行晶胞定义时，出现警告：“WARNING: Bad box in file complex.gro”，这是什么原因 kuaij 2026-4-30 126 lauthirteen 2026-5-12 09:58
求助！！！！！！！！Zeo++画连通性拓步结构的问题 新人帖 lucksanmu 2026-5-11 012 lucksanmu 2026-5-11 15:46
GROMOS 53A6 和 ATB 默认用的 GROMOS 54A7 力场差别大吗？跑 MD 的话，最终结果会不会 xuanyx 2026-4-30 019 xuanyx 2026-4-30 10:01
通过 ATB 网站构建小分子的拓扑文件后，执行以下 grompp 命令：gmx grompp -f em.mdp 新人帖 xuanyx 2026-4-30 018 xuanyx 2026-4-30 10:01
求组：关于金属铋的力场 Lisy 2026-4-22 131 lauthirteen 2026-4-22 10:03
复合物体系拓扑合并后，Total charge 不为整数，grompp 警告 新人帖 sshipi 2026-4-15 136 lauthirteen 2026-4-17 11:11
TOP 文件力场包含顺序不对，出现 Missing proper dihedrals 新人帖 zchux 2026-4-15 128 lauthirteen 2026-4-17 11:09
多次 include ITP 文件，出现 Duplicate moleculetype 重复定义 新人帖 ehsw 2026-4-15 131 lauthirteen 2026-4-17 11:08
小分子 ITP 导入后报错：Undefined atom type 新人帖 renee 2026-4-15 129 lauthirteen 2026-4-17 11:07
生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物TOP文件 新人帖 lauthirteen 2026-3-19 070 lauthirteen 2026-4-17 10:50
石墨烯和Ti3C2的ITP参数 sxugm 2026-4-7 359 lauthirteen 2026-4-16 21:13
模拟一个小分子在PMMA聚合物中的环境,如何确定初始结构以及初始的参数? 新人帖 fens 2026-4-16 125 lauthirteen 2026-4-16 20:44
GROMACS 拓扑报错：ITP 文件找不到 / 重复定义分子类型 reac 2026-4-3 135 lauthirteen 2026-4-3 10:44
GROMACS 运行报错：Undefined atom type 原子类型未定义 新人帖 reac 2026-4-3 134 lauthirteen 2026-4-3 10:44
各位老师同学有个 OPLSAA 力场的小问题想请教大家： 新人帖 licheng 2026-3-25 153 lauthirteen 2026-3-25 12:37
求助！GROMACS2024.1 做蛋白 - 小分子模拟，top 文件错误导致能量最小化失败，该怎么 新人帖 pcc 2026-3-25 144 lauthirteen 2026-3-25 12:03
Ambertool和acpype安装和使用 lauthirteen 2026-3-19 0168 lauthirteen 2026-3-19 19:28
用 CGenFF 处理 Mol2 文件用于 GROMACS 拓扑时失败，该如何处理？ 新人帖 qianwen 2026-3-18 169 lauthirteen 2026-3-19 10:10
拓扑文件报错? 新人帖 baomis 2026-3-18 155 lauthirteen 2026-3-19 10:09
刘建川・GROMACS | TOP/ITP文件讲解视频 admin 2026-3-16 058 admin 2026-3-16 11:01
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