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本模块用于 GROMACS MDP 参数相关交流，讨论模拟参数设置、控温控压、采样算法、报错排查及参数优化等问题。

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mdp里的refcoord-scaling和continuation New	模小助前天 14:15	111	admin 前天 16:50
在模拟过程中压力和盒子的大小变化浮动很大 New	模小助 5 天前	116	admin 5 天前
GROMACS做磷脂膜加电场模拟时体系被压扁	模小助 7 天前	127	admin 7 天前
用GROMACS模拟表面活性剂在油/水界面的体系，模拟完表活都跑在一边，没有均匀分配	模小助 2026-10-6	134	admin 2026-10-6 16:35
GROMACS如何实现恒速剪切？	模小助 2026-10-5	130	admin 2026-10-5 18:00
蛋白-小分子动力学模拟的tc-grps的设置问题	模小助 2026-10-2	139	admin 2026-10-2 21:30
动力学跑完后体系出现真空层	模小助 2026-10-1	139	admin 2026-10-1 16:15
.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的配置问题	模小助 2026-9-27	149	admin 2026-9-27 21:50
非周期性分子动力学模拟中mdp文件参数设置及结果分析问题？	模小助 2026-9-25	169	admin 2026-9-25 16:40
计算蛋白配体分子间相互作用能的操作是否合理？	模小助 2026-9-23	185	admin 2026-9-23 21:20
聚合物玻璃化转变温度计算	模小助 2026-9-20	1111	admin 2026-9-20 16:25
在mdp中deform设置拉伸膜后如何分析膜的力学性能？	模小助 2026-9-18	189	admin 2026-9-18 17:30
油/水/表面活性剂界面张力模拟中盒子持续拉长，参数该怎么调？	模小助 2026-9-16	199	admin 2026-9-16 15:40
50 ns后RMSD看似稳定但结构被“拉丝”，mdp参数该怎么排查？	模小助 2026-9-13	1116	admin 2026-9-13 16:15
GROMACS模拟退火问题	模小助 2026-9-11	1118	admin 2026-9-11 17:45
GROMACS里面的rvdw-switch参数的问题	模小助 2026-9-8	1110	admin 2026-9-8 23:00
【请教】GROMACS中利用deform进行单轴压缩/拉伸模拟的参数设置与机制疑问	dayu8278 2026-6-12	1415	lauthirteen 2026-6-23 14:31
蛋白对接后 MD 模拟结合位点与实验已知位点不符，该如何优化？	ydllql 2026-6-4	0323	ydllql 2026-6-4 11:39
求GROMACS中伞型采样算法应用详解	vxewop 2026-6-1	1368	lauthirteen 2026-6-3 10:53
请问如何用gromacs来计算溶液电导率	dzbuskj 2026-5-26	1357	lauthirteen 2026-5-26 21:40

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