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本模块用于 GROMACS 之外的分子模拟相关软件交流讨论，包括建模、分析、可视化等工具的使用技巧与问题解答。

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如何计算体系孔径分布、三维探针分布、连通性精华1	admin 2026-3-16	2830	bluevoice 2026-7-20 20:56
gmx统计RDF未收敛至1，且形状奇怪	模小助 2026-9-26	143	admin 2026-9-26 16:30
gmx density命令统计离子的数密度的问题	模小助 2026-9-27	147	admin 2026-9-27 15:20
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ILs+水体系用gmx current计算电流自相关函数的问题	模小助 2026-10-2	133	admin 2026-10-2 15:35
使用GROMACS生成RMSD时tpr输入文件如何选择？	模小助 2026-10-4	137	admin 2026-10-4 21:40
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GROMACS 算蛋白主链 RMSD 并出图？	hantian 2026-3-10	1224	admin 2026-3-10 16:18
RMSF 残基波动图怎么画？	hantian 2026-3-10	1206	admin 2026-3-10 16:19
如何分析速度分布	Lisy 2026-3-19	1241	lauthirteen 2026-3-20 14:08
计算蛋白质 RMSF 曲线出现 “乱连”	lisyw 2026-3-25	1252	lauthirteen 2026-3-27 08:58
Gromacs怎么计算内聚能？	XXX 2026-4-3	1276	lauthirteen 2026-4-3 14:43
请问模拟过程的熵变如何计算	Lisy 2026-4-7	1260	lauthirteen 2026-4-7 16:41
求助：我构建了一套粗粒化模型，在 VMD 里切换成 VDW 显示模式后，只显示粗粒化珠...	Xuab 2026-4-20	1396	lauthirteen 2026-4-22 09:58
我试过网上现成的 Martini 可视化脚本，运行一直报错。导入拓扑文件提示缺少键参数目?	Xuab 2026-4-20	1322	lauthirteen 2026-4-22 10:00
在分子模拟过程中，配体 A 较配体 B 可形成更多氢键，这一特征是否也能佐证配......	lilis 2026-4-27	1346	lauthirteen 2026-4-29 08:45
想问下如何分析电解液中 SSIP、CIP、AGG 这类溶剂化结构的占比？需要自己写脚本吗？有	sunshe 2026-4-30	1419	lauthirteen 2026-5-26 21:43

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