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ITP/TOP拓扑文件今日: 0|主题: 32|排名: 2

本模块 GROMACS 拓扑文件（ITP/TOP）相关交流，用于讨论拓扑生成、参数修改、力场配置、报错排查等问题，帮助大家正确构建与调试模拟体系。

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石墨烯和Ti3C2的ITP参数	sxugm 2026-4-7	359	lauthirteen 2026-4-16 21:13
求助：Residue' not found in residue topology database	双双 2026-3-10	150	admin 2026-3-10 14:49
Atom X in residue YYY not found in rtp entry??	双双 2026-3-10	128	admin 2026-3-10 14:50
gromacs时候出现下面错误：Invalid order for directive 'atomtypes'	双双 2026-3-10	193	admin 2026-3-10 14:50
错误：No such moleculetype "XXX"。请问大家应该如何解	双双 2026-3-10	157	admin 2026-3-10 14:55
错误：Atomtype X not found?	qaz 2026-3-10	161	admin 2026-3-10 14:54
请问大家应该如何解决呢?Atom index n in position_restraints out of bounds (1-X)。	qaz 2026-3-10	148	admin 2026-3-10 14:54
小白求助：Found a second defaults directive file	qaz 2026-3-10	131	admin 2026-3-10 14:51
我运行 GROMACS 时出现错误？	qaz 2026-3-10	132	admin 2026-3-10 14:53
找不到SOL组	qaz 2026-3-10	130	admin 2026-3-10 14:52
[GROMACS] Moleculetype "XXX" is redefined?	qaz 2026-3-10	129	admin 2026-3-10 14:52
请教：GROMACS 中金属原子的 top 文件要怎么写	Vex 2026-3-13	162	lauthirteen 2026-3-13 15:05
求助：如何使用 Sobtop 创建铁硫蛋白中铁硫簇 [Fe2S2] 的 GROMACS 拓扑文件	Quasar 2026-3-13	163	lauthirteen 2026-3-13 15:07
用 CGenFF 处理 Mol2 文件用于 GROMACS 拓扑时失败，该如何处理？	qianwen 2026-3-18	169	lauthirteen 2026-3-19 10:10
拓扑文件报错?	baomis 2026-3-18	155	lauthirteen 2026-3-19 10:09
求助！GROMACS2024.1 做蛋白 - 小分子模拟，top 文件错误导致能量最小化失败，该怎么	pcc 2026-3-25	144	lauthirteen 2026-3-25 12:03
各位老师同学有个 OPLSAA 力场的小问题想请教大家：	licheng 2026-3-25	153	lauthirteen 2026-3-25 12:37
GROMACS 运行报错：Undefined atom type 原子类型未定义	reac 2026-4-3	134	lauthirteen 2026-4-3 10:44
GROMACS 拓扑报错：ITP 文件找不到 / 重复定义分子类型	reac 2026-4-3	135	lauthirteen 2026-4-3 10:44
小分子 ITP 导入后报错：Undefined atom type	renee 2026-4-15	129	lauthirteen 2026-4-17 11:07

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