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模型构建 今日: 0|主题: 23|排名: 3 

本模块用于 GROMACS 模型构建 相关交流，包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。
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请问高斯 / ORCA 优化后为啥要算 RESP 电荷？对 MD 有啥用？ 新人帖 shouss 2026-5-13 121 lauthirteen 前天 09:33
各位老师好，我目前想做二氧化硅相关模拟,请问有没有相关资料？谢谢 zhidun3 2026-5-11 116 lauthirteen 2026-5-12 10:02
请问要得到小分子配体与蛋白最稳定的结合方式，分子动力学模拟的时长和步长一般设为多 新人帖 kuaij 2026-4-30 024 kuaij 2026-4-30 10:06
目前我使用的是 RTX 3080 Ti 显卡，主要用于运行 GROMACS 进行蛋白质对接计算........ lilis 2026-4-27 124 lauthirteen 2026-4-29 08:43
我用 Packmol 构建了一个模拟盒：盒子中心是硫酸铵团簇，水分子分...... xuanwu2 2026-4-21 133 lauthirteen 2026-4-23 10:42
Gromacs可以模拟双配体的动力学模拟吗，有操作教程吗 新人帖 xuanwu2 2026-4-21 132 lauthirteen 2026-4-23 10:41
磷酸铝的溶剂化模型搭建 新人帖 阿布拉卡 2026-3-14 156 lauthirteen 2026-4-17 10:57
小分子复合物建模，合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错 新人帖 xhh 2026-4-7 142 lauthirteen 2026-4-7 16:43
gmx solvate 溶剂化报错，分子超出盒子，无法加水 新人帖 lingc 2026-4-7 143 lauthirteen 2026-4-7 16:42
gromacs如何导入交联的分子结构 新人帖 fengqz 2026-3-25 167 lauthirteen 2026-3-25 12:00
求助：模拟MXene膜海水淡化过程.... 新人帖 ctcs 2026-3-23 159 admin 2026-3-23 14:38
Gromacs如何交联模拟（含视频） 精华 admin 2026-3-19 0174 admin 2026-3-19 18:08
想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？ Mirage 2026-3-16 272 lauthirteen 2026-3-16 18:07
运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ... xiaopacai 2026-3-10 1103 lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type xiaopacai 2026-3-10 179 lauthirteen 2026-3-10 14:36
运行gromacs时候出现下面错误：OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5.. xiaopacai 2026-3-10 158 lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：Invalid order for directive [xxx] 18380446913 2026-3-10 160 lauthirteen 2026-3-10 14:35
错误：Energy minimization does not converge (Fmax not reached) 18380446913 2026-3-10 145 lauthirteen 2026-3-10 14:35
运行gromacs时候出现下面错误：Invalid line in [file.gro] for atom N 18380446913 2026-3-10 158 lauthirteen 2026-3-10 14:34
在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误 18380446913 2026-3-10 154 lauthirteen 2026-3-10 14:33
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