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本模块用于 GROMACS MDP 参数相关交流，讨论模拟参数设置、控温控压、采样算法、报错排查及参数优化等问题。

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关于PMF中参考组和牵引组的设置	Lisy 2026-3-13	3306	lauthirteen 2026-3-13 12:29
求助：gromacs模拟MXene膜固体材料	sxugm 2026-3-26	4346	sxugm 2026-4-2 08:25
计算蛋白配体分子间相互作用能的操作是否合理？	模小助 2026-9-23	185	admin 2026-9-23 21:20
非周期性分子动力学模拟中mdp文件参数设置及结果分析问题？	模小助 2026-9-25	169	admin 2026-9-25 16:40
.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的配置问题	模小助 2026-9-27	149	admin 2026-9-27 21:50
动力学跑完后体系出现真空层	模小助 2026-10-1	139	admin 2026-10-1 16:15
蛋白-小分子动力学模拟的tc-grps的设置问题	模小助 2026-10-2	139	admin 2026-10-2 21:30
GROMACS如何实现恒速剪切？	模小助 2026-10-5	130	admin 2026-10-5 18:00
用GROMACS模拟表面活性剂在油/水界面的体系，模拟完表活都跑在一边，没有均匀分配	模小助 2026-10-6	134	admin 2026-10-6 16:35
GROMACS做磷脂膜加电场模拟时体系被压扁	模小助 7 天前	127	admin 7 天前
在模拟过程中压力和盒子的大小变化浮动很大 New	模小助 5 天前	116	admin 5 天前
mdp里的refcoord-scaling和continuation New	模小助前天 14:15	111	admin 前天 16:50
运行gromacs时候出现下面错误：No '=' to separate .mdp parameter key and value	hutu8 2026-3-10	1181	lauthirteen 2026-3-10 14:52
错误：Group [name] referenced in the .mdp file was not found in the index file	hutu8 2026-3-10	1250	lauthirteen 2026-3-10 14:52
错误：With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10	hutu8 2026-3-10	1195	lauthirteen 2026-3-10 14:53
能量最小化时出现 Stepsize too small, or no change in energy	hutu8 2026-3-10	1193	lauthirteen 2026-3-10 14:53
错误：There is no domain decomposition for ...	hutu8 2026-3-10	1179	lauthirteen 2026-3-10 14:53
运行gromacs时候出现下面错误：Missing define in .mdp	hutu8 2026-3-10	1163	lauthirteen 2026-3-10 14:54
错误：Unknown left-hand '#energy-grps'	hutu8 2026-3-10	1239	lauthirteen 2026-3-10 14:54
运行gromacs时候，设置了energygrps参数之后运行效率变慢	hutu8 2026-3-10	1323	lauthirteen 2026-3-10 14:55

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